Nell’ottobre del 2006, con Visco (centro-sinistra) di nuovo ministro, Befera diventa il numero uno di Equitalia.
Il cerchio si chiude nel maggio 2008, quando Tremonti (centro-destra) torna a Via XX Settembre e gli affida senza pensarci due volte la guida dell’Agenzia dell’Entrate in abbinata con la presidenza di Equitalia.
I due incarichi gli fruttano la bellezza di 456.733 euro lordi all’anno.